侯建国，物理化学家。1959年生于福建平潭。1983年毕业于中国科学技术大学物理系，1989年获中国科学技术大学博士学位。1993年至1995年在美国Oregon州立大学化学系做助理研究员。现任中国科学技术大学教授、副校长、理化科学中心主任。
主要从事结构分析、表面物理化学和无机材料制备方法的研究。利用分子自组装技术，获得了能够分辨碳—碳单键和双键的分子图像，并从实验和理论上分别论证了扫描隧道显微术对单分子直接成像的可能性与限制因素，并进而确定了C表面晶格的取向特征。此外，发展了确定单分子在固体表面吸附取向与局域电子态的方法，提出了制备具有特殊性能的同质分子超晶格的新途径。
2003年当选为中国科学院院士。