张亚平，分子进化生物学和保护遗传学家。生于云南昭通。1986年毕业于复旦大学生物系，1991年获中国科学院昆明动物研究所博士学位。现任中国科学院昆明动物研究所研究员、副所长，云南大学教授。
从事灵长类、食肉类等一系列动物类群的研究，澄清了这些类群系统与演化中的一些重要问题。以线粒体基因组作为主要遗传标记研究东亚人群的遗传多样性，揭示了东亚人群进化的一些规律，并阐述了我国一些民族的演化历程。系统研究了野生动物和家养动物的遗传多样性，发现遗传多样性贫乏与物种濒危之间没有必然的对应关系，证明东亚是家养动物驯化的重要区域。在脊椎动物中首次发现微进化时间范围内DNA异速进化的现象。对基因起源进化的研究，揭示了一些新基因的形成和基因的变异在生物适应进化中的意义。
2003年当选为中国科学院院士。