柏连松教授全面系统地继承了夏氏外科的中医特色，在从事中医外科、肛肠科工作的４０多年中，他长期坚持在医教研第一线，将传统中医治疗方法与现代临床医学的先进技术相结合，并把肛肠病作为自己悉心研究的主攻方向，积累了丰富的临床经验，创立了许多有特效的治疗新方法，使中医肛肠科学得到了重大发展。独创的＂双线切挂法＂治疗各种高位复杂性肛瘘，既简化了操作步骤，又缩短了手术时间，在迄今为止治疗的５０００余例患者中，总有效率高达９５％以上，而且避免了复发以及肛门失禁等手术后的并发症、后遗症的发生。
近年来柏连松教授仍不断地进行探索，在原有肛瘘手术基础上又增加了＂隧道法＂，治疗高位复杂性肛瘘，使该疾病的治疗方法日臻完善。另外，运用中西医结合治疗肛裂使疗程由原来的三周缩短至５－７天；对直肠息肉、肛乳头肥大的手术治疗，大多５天左右愈合；对有各种慢性疾病不宜手术的患者，采用内服中药和局部用药的方法，同时以激光、脉冲、肛肠微波等现代技术辅助治疗，均有显著疗效。他先后研制发明了曙光Ⅰ号注射液、消痔锭、长麻Ⅰ号、炎宁灌肠液、熏洗Ⅰ号、柏氏痔科治疗仪等，其中炎宁灌肠液荣获国家中医药管理局科技进步三等奖，消痔锭获得上海市优秀产品二等奖、上海中医药大学科研成果二等奖。柏连松教授的著作颇多，主要专著有：《简明肛肠病学》、《实用中医肛肠病学》、《中医肛肠科学》，并参与了《医古籍精选》、《中医治疗疑难杂病秘要》等著作中肛肠病章节的编写。另外他还在国内外重要医学期刊上发表论文数十篇学术论文，获得了多项科研成果奖，并多次在国际性学术会议上交流。